使用EDTA抗凝管采集艾滋病病人患者静脉外周血，轻轻颠倒混匀血液和抗凝剂，确保充分混合，送入实验室离心分离血浆，析出上层血浆备用。

据核酸提取试剂盒说明书，取出血浆，加入细胞裂解液裂解细胞，蛋白酶K消化蛋白，释放核酸，使核酸游离在裂解体系中。通过纯化磁珠或者过滤柱纯化去除蛋白质等其他杂质，再用无核酸酶水或者TE buffer洗脱回收核酸，并用紫外分光光度计检测核酸纯度，用Qubit定量试剂盒检测核酸浓度，用核酸电泳仪检测核酸的完整性。

RNA片段化→cDNA一链合成→cDNA二链合成、末端修复及加A反应→接头连接→接头连接产物纯化→文库扩增→文库扩增产物纯化→文库质量检测。

取上述所得到的文库，进行两轮杂交捕获，过程是过夜杂交→捕获磁珠富集文库及清洗→Post-PCR 反应→文库纯化后全部投入进行二轮杂交反应→二次捕获磁珠富集文库及清洗→二次Post-PCR 反应→二次文库纯化→捕获文库质量检测。

库检合格后，把文库按照有效浓度及目标下机数据量进行Illumina NovaSeq PE150测序。

生物信息学分析分为以下步骤：

1)原始下机数据处理：此步骤过滤测序质量值低和宿主污染的reads，保留高质量reads，过滤后的数据称为Clean Data；

2)序列比对和突变检测：基于参考基因组进行测序reads的重比对和遗传突变信息；

3)基因组共识序列构建：基于参考基因组的比对结果可以推测样本HIV-1准种群基因组的共识序列（consensus genome）。共识序列在此处指的是由重合区域出现频率最高的碱基连接而成的一短序列。

4)基因分型和耐药检测：基于组装得到的样本基因组序列与公开的已知亚型HIV-1病毒序列进行比对，根据遗传距离确定病毒亚型是目前HIV基因分型的金标准。NGS能够全面检测Pol基因上PR-RT-IN区域耐药性，可检测频率在5~20%的低丰度病毒变异，并能对样本中每个变异的频率进行定量估算。