采用SDS或STE的方法对样本的基因组DNA进行提取，之后利用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的纯度和完整性，利用Qubit进行定量。

Illumina平台建库及库检

经电泳检测合格的 DNA 样品用 Covaris 超声波破碎仪随机打断成长度约为350bp的片段。处理完成后的DNA片段，使用NEBNext®Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina(NEB, USA)试剂盒，经末端修复、加A尾、加测序接头、纯化、PCR扩增等步骤完成整个文库制备。 文库构建完成后，先使用Qubit 2.0进行初步定量，稀释文库至2ng/ul，随后使用Agilent 2100 对文库的插入片段进行检测，insert size符合预期后，使用Q-PCR方法对文库的有效浓度进行准确定量，以保证文库质量。

库检合格后，把不同文库按照有效浓度及目标下机数据量进行Illumina NovaSeq PE150测序。

信息分析分以下几个步骤：

1、 原始下机数据处理：此步骤过滤测序质量值低的reads，保留高质量reads，过滤后的数据称为Clean Data；

2、 样品组装：进行基因组组装，得到能反映样品基因组的序列文件；

3、 基因组组分分析：组装完成后，分析样品基因组的成分，包括编码基因、非编码RNA、前噬菌体、基因岛、CRISPR等基因组成分的预测；

4、 基因功能分析：针对编码基因序列进行不同数据库的功能注释，包括常用的KEGG、COG数据库、针对病原微生物的数据库；

5、 基因型分型分析：基于PubMLST数据库对样品进行基因型分型。