质谱数据质控
PRM（平行反应监测，Parallel Reaction Monitoring）目前靶向蛋白质组学数据采集的主流方法，通过对特异性肽段或目标肽段（如发生翻译后修饰的肽段）进行选择性检测，从而实现对目标蛋白质/修饰肽段的靶向相对或绝对定量。
样本重复性分析
通过计算样本间皮尔森相关性系数(Pearson's Correlation Coefficient)和主成分分析(Principal ComponentAnalysis)展示样本间重复性。
蛋白功能注释
对鉴定到的蛋白进行功能注释，主要包括GO(Gene Ontology)注释、KEGG(Kyoto Encylopedia of Genes and Genomes注释、KOG注释和蛋白结构域注释。
差异表达蛋白统计分析
针对筛选阈值条件下得到的差异蛋白，使用火山图和热图进行展示，其中红色表示差异表达上调蛋白，蓝色表示差异表达下调蛋白。
差异表达蛋白组织特异性分析
通过The Human Protein Atlas数据库可以获得大部分人类基因在不同器官或癌症组织中的mRNA和蛋白水平的丰度情况。对发现的差异性表达蛋白质与该数据进行比较分析，为后续生物标志物筛选提供一定依据。
差异表达蛋白富集分析
高通量蛋白质组学分析往往会得到大量差异表达蛋白，简单的统计很难将这些差异表达蛋白与某些生物学现象及其潜在机制联系起来。功能富集分析可以快速从庞杂的组学数据中发据规律，以期发现在生物学过程中起关键作用的生物通路，从而揭示和理解生物学过程的分子机制。
差异表达蛋白互作分析
通过STRING(https://wwwstring-dborg/)数据库，对鉴定到的差异表达蛋白进行蛋白互作网络分析，系统分析蛋白的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理、疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制都具有重要意义。
KEGG富集通路图
对差异表达蛋白进行KEGG富集分析后，将差异表达蛋白在KEGG通路图上进行展示,图中红色表示上调差异蛋白，绿色表示下调差异蛋白。
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