经典案例 | 广科安德

10x 单细胞组学 10x Visium空间组学 10x Xenium原位分析

TMT/iTRAQ定量蛋白质组学非标(Label-free)定量蛋白质组学分析 DIA定量蛋白质组学分析 SILAC定量蛋白质组学分析定性蛋白质组学修饰蛋白质组学 PRM靶向定量蛋白质组学蛋白质组学生信分析

微生物全基因组测序微生物多样性测序宏基因组测序人全基因组测序外显子组测序

真核有参转录组真核无参转录组绝对定量转录组测序 miRNA测序（10M/20M） lncRNA测序 circRNA测序产品简介动物全转录组测序（miRNA建库+rRNA去除法）全转录组测序(miRNA建库+rRNA去除法+酶消化) 单细胞转录组测序(SMART)

微生物全基因组测序

服务介绍生信分析经典案例

病原菌耐药研究

病原菌传播研究

文章名称：中国快速城市化下耐多药结核病在全市范围的传播：一项基于人群的回顾性基因组学空间流行病学研究

发表机构：深圳市疾控中心，复旦大学

杂志：Clinical Infectious Diseases

发表时间：2020.7.1

样本类型及数目：417株结核分枝杆菌

影响因子：9.055 一区

关键词：结核分枝杆菌，基因组，耐多药，分子流行病学

研究背景

结核病是由人类专性致病菌——结核分枝杆菌感染（*Mycobacterium tuberculosis*, Mtb）引发的慢性感染性疾病，其致死率、致残率已超过艾滋病。人口流动可能会扩大耐多药结核病 (MDR-TB) 的传播并使其在全球的流行更加复杂化流行。深圳是中国境内流动人口最常见的目的地，作者试图在通过全市范围内的耐多药结核病病例进行回归性研究，来追溯流行病传播轨迹，鉴别高危感染人群。

材料方法

样本筛选和测序

深圳市疾控中心采集并存储了2013-2017年该市所管辖的10个区送来的8866份临床确诊的结核分枝杆菌样本，药敏试验确定其中450株（5.08%）为耐多药结核病。对这些菌株进行培养并测序，成功获得417株Mtb菌的全基因组测序数据。

生物信息学和空间地理分析

将测序所得菌株序列与Mtb参考基因组（H37Rv）进行比对，然后进行变异检测，统计各菌株之间的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）为计数的遗传距离并构建一致性序列。以菌株间基因组差异在12 个SNPs之内且具有相同的耐药突变则可判定为传播耐药，对所有菌株进行成簇分析。对成簇病例的流行病学特征（比如年龄、职业、民族）和空间地理位置信息进行相关性检验，识别传播风险因素和空间传播规律。

研究结果

近期传播成簇分析和风险因素检测

全部测序的417株Mtb菌株中共有105株菌可以成簇，总的成簇率为25.2%。不同谱系或亚型的Mtb菌株之间的成簇率显著（X² = 17.3, P = 0.0002）不同现代北京亚型的Mtb的成簇率（32.9%，71/216）高于古老北京亚型的Mtb（20.7%）和第4谱系的Mtb（9.38%）。氟喹诺酮（Fluoroquinolone, FQ）耐药菌株在成簇的菌株中的频率更高（38.3% vs 21.3%, X² = 13.19, P = 0.0003）。大多数耐多药结核病患者(64.5%，269/417)是没有结核病治疗史的新病例，因此是由直接传播的耐多药结核病菌株感染的。进一步使用多因素Logistic回归分析以北京基因型和 FQ 耐药性进行校正发现其它流行病学因素包括出生在深圳（OR，3.66；95% CI：1.07-12.8）和居住在龙岗区或郊区（OR，2.08；95% CI：1.07–3.97）。令人惊讶的是，学生病例中传播成簇风险是其他患者的 4.05（OR，4.05；95% CI：1.06-17.0）倍。